Phylogenetic analysis of HIV-1 variants of a comprehensive HIV clinic in Guatemala, through the subtyping of the pol-HIV-1 region sequences obtained during the period 2010-2015
DOI:
https://doi.org/10.54495/Rev.Cientifica.v29i1.48Keywords:
HIV, HIV-1, subtyping, subtype BAbstract
The HIV genome contains nine genes, three of these genes (gag, pol and env) encoded for structural proteins. There are two main variants of this virus, HIV-1 and HIV-2. The first one (HIV-1) is the cause of most infections worldwide, of which nine subtypes and 58 circulating recombinant forms (CRF) have been identified. In
Central America, subtype B of HIV-1 is the cause of the majority of HIV positive cases. In Guatemala, it has been reported the presence of subtype B, recombinant forms BF1 and subtype C. However, no phylogenetic analysis has been performed to indicate the variants of this subtype. The aim of the study was to subtype 400 sequences of the pol region of HIV-1 of samples that were obtained from a care clinic during the period 2010 to 2015. To determine the different subtypes of HIV-1 present in Guatemala, the subtyping of the sequences obtained by the genotype test in FASTA format was performed with REGA HIV-1 Subtyping Tool - Version 3.0. In order to determine the relationship between HIV-1 variants, an alignment of sequences and phylogenetic trees was performed using the Neighbor Union and Maximum Likelihood method with 100 bootstrap replicas, with the MEGA 7.0.21 program. It was determined that the subtypes with the highest
prevalence of the studied sequences are the subtype B (71.5 %), recombinant BD (16.75%) and subtype B-like with (7.75 %).
Downloads
References
Arenas, M. (2015). Trends in substitution models of molecular evolution. Frontiers in Genetics, 6(319). https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00319 DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00319
Ávila-Ríos, S., Mejía-Villatoro, C. R., García-Morales, C., Soto-Nava, M.,Escobar, I., Mendizabal, R., … & Reyes-Terán, G. (2011). Prevalence and patterns of VIH transmitted drug resistance in Guatemala. Revista panamericana de salud pública, 30(6), 641-648. https://doi.org/10.1590/S1020-49892011001200024 DOI: https://doi.org/10.1590/S1020-49892011001200024
Darriba, D., Taboada, G., Doalla, R., & Posada, D. (2012). jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing. Nature methods9(8), 772. https://doi.org/10.1038/nmeth.2109 DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.2109
Delgado, R. (2011). Características virológicas del VIH. Enfermedades infecciosas y microbiológica clínica, 29(1), 58-65. https://doi.org/10.1016/j.eimc.2010.10.001 DOI: https://doi.org/10.1016/j.eimc.2010.10.001
De Oliveira, T., Deforche, K., Cassol, S., Rambaut, A., & Vandamme, A. (2014). REGA HIV-1 Subtyping Tool - Version 3.0 [Software]. Recuperado de http://dbpartners.stanford.edu:8080/RegaSubtyping/
stanford-hiv/typingtool/
Engelman, A., & Cherepanov, P. (2012). e structural biology of HIV-1: mechanistic and therapeutic insights. Nature reviews. Microbiology, 10(4), 279-290. https://doi.org/10.1038/nrmicro2747 DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2747
Fauci, A., Kasper, D., Hauser, S., Longo, D., Jameson, L., & Loscalzo, J. (2008). Harrison Principios de medicina interna. México. D.F.: Mc GrawHill.
Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA 7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datadets. Molecular biology evolution, 33(7), 1870-4. https://doi.org/10.1093/molbev/msw054 DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msw054
Lahuerta, M. (2009). Epidemiología molecular y control de la transmisión vertical del VIH-1: En un área endémica de malaria del sur de Mozambique (Tesis doctoral). Universitat de Barcelona, España.
López, P., Rivera-Amill, V., Rodríguez, N., Vargas, F., & Yamamura, Y. (2016). The genetic diversity and evolution of HIV-1 subtype B epidemic in Puerto Rico. International journal of environmental research and public health, 13(1), 55. https://doi.org/10.3390/ijerph13010055 DOI: https://doi.org/10.3390/ijerph13010055
Murillo, W., Veras, N., Prosperi, M., Lorenzana, I., Paz, G., Morales, S., … & Salemi, M. (2013). A Single early introduction of VIH-1 subtype B into Central America accounts for most current cases. Journal of virology,87(13),7463-7470. https://doi.org/10.1128/JVI.01602-12 DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.01602-12
Pasquier, C., Millot, N., Njouom, R., Sandres, K., Cazabat, M., Puel, J., & Izopet, J. (2001). HIV-1 subtyping using phylogenetic analysis of pol gene sequences. Journal of virological methods, 94, 45-54. https://doi.org/10.1016/S0166-0934(01)00272-5 DOI: https://doi.org/10.1016/S0166-0934(01)00272-5
Pineda-Peña, A. C., Faria, N. R., Imbrechts, S., Libin, P., Abecasis, A. B., Deforche, K., … & Vandamme, A. M. (2013). Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools. Infection, genetics and evolution, 19, 337-348. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2013.04.032 DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2013.04.032
Programa Conjunto de las Naciones Unidas sobre el VIH/sida. (2017). HIV and AIDS Estimates. Guatemala. Recuperado de http://unaids.org/es/regionscountries/countries/guatemala
Ríos, M., Villanueva, C., San Martín, C., & Ramírez, E. (2003). Identificación de subtipos B y F de VIH-1 en pacientes chilenos. Revista médica de Chile, 131(7), 711-718. https://doi.org/10.4067/S0034-98872003000700001 DOI: https://doi.org/10.4067/S0034-98872003000700001
Robertson, D., Sharp, P., McCutchan, F., & Hahn, B. (1995). Recombination in HIV-1. Nature,374(6518),124. https://doi.org/10.1038/374124b0 DOI: https://doi.org/10.1038/374124b0
Silvestre, L. (2010). Infecciones de transmisión sexual en personas viviendo con VIH/SIDA con o sin tratamiento antirretroviral (Tesis de licenciatura). Universidad de San Carlos de Guatemala, Guatemala.
Taylor-Castillo, L., León-Bratti, M. P., Solano-Chinchilla, A., Herrera-Martínez, G., Boza- Cordero, R., León, B., … & Visoná, K. (2010). Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools. Revista Panamericana de Salud Pública, 27(1), 23-31.
https://doi.org/10.1590/S1020-49892010000100004 DOI: https://doi.org/10.1590/S1020-49892010000100004
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2019 Ana Oliva-Castillo, Dalia Lau-Bonilla
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Los autores/as que publiquen en esta revista aceptan las siguientes condiciones:
- Los autores/as conservan los derechos de autor y ceden a la revista el derecho de la primera publicación, con el trabajo registrado con la licencia de atribución de Creative Commons 4.0, que permite a terceros utilizar lo publicado siempre que mencionen la autoría del trabajo y a la primera publicación en esta revista.
- Los autores/as pueden realizar otros acuerdos contractuales independientes y adicionales para la distribución no exclusiva de la versión del artículo publicado en esta revista (p. ej., incluirlo en un repositorio institucional o publicarlo en un libro) siempre que indiquen claramente que el trabajo se publicó por primera vez en esta revista.
- Se permite y recomienda a los autores/as a compartir su trabajo en línea (por ejemplo: en repositorios institucionales o páginas web personales) antes y durante el proceso de envío del manuscrito, ya que puede conducir a intercambios productivos, a una mayor y más rápida citación del trabajo publicado.